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三田尻の御舟倉は、萩藩の水軍の根拠地でした。藩主の御座船や軍船が常置され、船の建造や修理も行われました。また周辺には関係者の住宅があり、それにちなんだ地名が今日も残っています。

現在では通堀、これに通じる船入水路の一部を残すのみです。

また、下関の功山寺で決起した高杉晋作は、決死隊を率い、ここ三田尻の海軍局を襲い、軍艦を奪取しました。